|
|
Efekt abakaviru na expresi nukleosidových transportérů, adenosinových receptorů a enzymů podílejících se na syntéze a biodegradaci adenosinu v trofoblastu
Gala, Viktor ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Čečková, Martina (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Viktor Gala Školitel: doc. PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Efekt abakaviru na expresi nukleosidových transportérů, adenosinových receptorů a enzymů podílejících se na syntéze a biodegradaci adenosinu v trofoblastu Nukleosidový inhibitor reverzní transkriptázy (NRTI) abakavir (ABC) je dnes základním pilířem kombinované antiretrovirální terapie (cART) HIV u těhotných žen. Zavedení cART společně s několika dalšími opatřeními snížilo přenos viru HIV z matky na plod v posledních letech na méně než 1 %. Placenta je klíčovým orgánem pro zdraví plodu i matky. Dysbalance ve vývinu placenty může vyústit v adaptační změny a chyby v programování plodu. cART doporučovaná v těhotenství je známá pro svůj dobrý bezpečností profil, nicméně některé epidemiologické studie naznačují vyšší riziko snížené hmotnosti plodu, předčasného porodu apod. Placenta je rychle rostoucí orgán závislý na dodávce stavebních látek, který se v určitých aspektech podobá růstu nádorů. Nukleosidy podporují nádorovou proliferaci a podílí se na rozvoji imunotolerance. Placenta je komplexně vybavena pro syntézu, vychytávání, metabolismus nukleosidů a interakci s fyziologicky nejdůležitějším nukleosidem adenosinem...
|
|
|
Hodnocení genové exprese vybraných ABC a SLC transportérů v buněčné linii HTR-8/SVneo během stimulace prozánětlivými cytokiny
Pokorná, Petra ; Čečková, Martina (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Petra Pokorná Školitel: doc. PharmDr. Martina Čečková, Ph.D. Konzultant: Mgr. Simona Dudičová Název diplomové práce: Hodnocení genové exprese vybraných ABC a SLC transportérů v buněčné linii HTR-8/SVneo během stimulace prozánětlivými cytokiny Placenta je prvním a zároveň největším fetálním orgánem, který se postupně vyvíjí během těhotenství a hraje esenciální roli při vývoji plodu. Plní celé spektrum funkcí, zajišťuje transport živin k plodu a odvod odpadních látek zpět do mateřské cirkulace, chrání plod před toxiny, a zároveň plní určitou mechanickou a zejména imunologickou bariéru mezi matkou a plodem. Jednou z hlavních funkcí placenty je funkce transportní umožněná pomocí membránových transportérů přítomných zejména ve vrstvě syncytiotrofoblastu placenty. Transportéry v lidské placentě můžeme rozdělit do dvou rodin, a to SLC a ABC, které se dělí dále do několika podrodin. Exprese transportérů se v průběhu těhotenství fyziologicky mění, ale vliv na expresi můžou mít také patologické stavy jako např. zánět. Na začátku těhotenství a během porodu hraje zánět fyziologickou roli, ale pokud dojde k nadměrné zánětlivé reakci v průběhu těhotenství, může to vést ke komplikacím, které mohou vyústit až ve...
|
|
|
Machine learning models for quantifying phenotypic signatures of cancer cells based on transcriptomic and epigenomic data
Koban, Martin ; PhD, Florian Halbritter, (oponent) ; Mehnen, Lars (vedoucí práce)
Since the advent of techniques capable of rapid acquisition of genomic data, it is one of the key challenges for researchers to interpret the results of such experiments in meaningful biological terms. In this work, we aim to exploit knowledge hidden in well-characterised transcriptomic and epigenomic data from publicly available sources to aid this interpretation. An integrated resource of chromatin accessibility data (from DNase-seq and ATAC-seq experiments) was created and pre-processed for downstream analyses, complemented by collections of public gene expression (RNA-seq) profiles. These datasets were used for training machine learning classifiers with two primary purposes. Firstly, for augmenting sample annotations by predicting undefined metadata labels in the training datasets. Secondly, for annotation of poorly characterised, unseen data to examine generalisation ability of the constructed models. We demonstrated that biologically relevant information was captured by the trained classifiers while technical artefacts were minimised. Thus, we validated that the proposed supervised machine learning approach can contribute to clarifying contents of cryptic transcriptomic and epigenomic datasets, particularly from the field of cancer research.
|
|
|
Analýza dat z mikročipů pro zjišťování genové exprese
Hebelka, Tomáš ; Jaša, Petr (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce se zabývá analýzou dat z DNA mikročipů pomocí shlukové analýzy. Vysvětluje biologické pojmy - genová exprese a DNA mikročip. Následně obsahuje matematický a informatický popis metod shlukování a popisuje, jak tyto metody aplikovat na data z mikročipů. Dále práce obsahuje implementační detaily shlukovacích metod k-means, DBSCAN a představuje originální shlukovací algoritmus Strom++. Poté následuje popis implementace a ovládání programu. Na konec jsou zhodnoceny dosažené výsledky.
|
|
|
Identifikace nekódující RNA u Clostridium beijerinckii NRRL B-598 pomocí RNA-Seq dat
Pomykalová, Barbora ; Sedlář, Karel (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje stručný úvod do problematiky nekódujících malých RNA u bakterií (sRNA). Zaměřuje se na jejich vlastnosti a funkce v organismu a to konktrétně pro bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Dále obsahuje popis laboratorních metod pro stanovení genové exprese a navrhuje postup pro identifikaci malých nekódujících RNA z dat získaných metodou RNA-Seq, pro zkoumanou bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V neposlední řadě dochází k implementaci navrženého postupu v prostředí MATLAB a zhodnocení výsledků získaných touto metodou.
|
|
|
Studium exprese genů u bakterie Cupriavidus necator a dalších vybraných producentů polyhydroxyalkanoátů
Centnerová, Radmila ; Šedrlová, Zuzana (oponent) ; Pernicová, Iva (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá studiem exprese genů bakterie Cupriavidus necator H16, která je známa jako modelový organismus metabolismu polyhydroxyalkanoátů. V první části této práce byla provedena optimalizace metodiky RT-qPCR, jež byla posléze použita pro studium genové exprese. Dále byly porovnávány různé komerční kity pro izolaci genomické DNA, izolaci RNA, a pro reverzní transkripci a vznik komplementární DNA. Z dostupných kitů byl vybrán ten, se kterým bylo dosaženo nejrelevantnějších výsledků a zároveň byla snadná a bezpečná práce. Při izolaci bylo dosaženo rozdílných výtěžků pro jednotlivé kity, použitý kit má tak velmi významný vliv na kvalitu získané nukleové kyseliny a tím i na úspěšnost celého měření. Izolovaná genomická DNA byla použita pro účely optimalizace a kalibrace. Izolovaná RNA a komplementární DNA byly použity ve druhé části práce, ve které byla studovaná bakterie kultivována na různých uhlíkatých substrátech. Poté bylo pomocí optimalizované RT-qPCR metodiky provedeno studium exprese vybraných genů zapojených do biosyntézy polyhydroxyalkanoátů. Významnější změny v genové expresi byly obecně zaznamenány tehdy, když byla jako uhlíkatý substrát použita fruktóza oproti tomu, když byl použit -butyrolakton. Největší nárůst exprese genů byl při kultivaci na fruktóze zaznamenán pro gen, kterým je kódována 4-hydroxyfenylacetát-3-hydroxyláza. Při kultivaci na -butyrolaktonu byly významnější změny v expresi pozorovány pouze pro gen kódující 4-hydroxybutyrát dehydrogenázu. Výběr substrátu má tedy zásadní vliv na genovou expresi.
|
|
|
Nutrigenomics and diseases of civilisation
Sadel, Peter ; Souralová Popelková, Miriam (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
The aim of the first part of this bachelor´s thesis is to explain and describe the basic terms which were used as diseases of civilisation, gen, genome, nutrigenomics, nutrigenetics. The second part of this work focuses on the characterization and description of some of the most often occurring diseases of civilisation in this world as obesity, diabetes mellitus or cardiovascular diseases and it has to point at possible causes of their formation and prevention. In the following chapters knowledge and practises of nutrigenomics were used during searching for the reasons of formation and prevention of civilisation diseases. Nutrigenomics is relatively a young discipline of science and only future research and monitoring will show its possible meaning in the future. The main goal of this work was to summarize and clearly demonstrate information about given theme from various information sources.
|
|
|
Analýza variability intronů
Kukačková, Hana ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Bakalářská práce se v teoretické části zabývá genovou expresí, významem a charakteristikou intronů a metodami jejich rozpoznávání. V praktické části se zaměřuje na analýzu intronů zvolených genů a vyhledávání konzervativních sekvencí . Nejprve je rozebrána struktura nukleových kyselin a popis jejich chemických a fyzikálních vlastností a genová exprese, její jednotlivé kroky – transkripce, posttranskripční úpravy a translace. Dále se práce zaměřuje na význam intronů, teorie jejich evoluce, podobnosti mezi různými skupinami organismů a některé metody jejich vyhledávání. Praktická část se zabývá analýzou počátečních a koncových oblastí intronů a ověřování konzervativnosti hraničních dinukleotidových sekvencí, dále analýzou hraničních oblastí intron – exon a exon - intron a dále se snaží navrhnout nové potenciálně konzervativní sekvence – motivy, vyhledat je a ověřit jejich konzervativnost.
|
|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
Methods for class prediction with high-dimensional gene expression data
Šilhavá, Jana ; Matula, Petr (oponent) ; Železný, Filip (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
This thesis deals with class prediction with high-dimensional gene expression data. During the last decade, an increasing amount of genomic data has become available. Combining gene expression data with other data can be useful in clinical management, where it can improve the prediction of disease prognosis. The main part of this thesis is aimed at combining gene expression data with clinical data. We use logistic regression models that can be built through various regularized techniques. Generalized linear models enable us to combine models with different structure of data. It is shown that such a combination may yield more accurate predictions than those obtained based on the use of gene expression or clinical data alone. Suggested approaches are not computationally intensive. Evaluations are performed with simulated data sets in different settings and then with real benchmark data sets. The work also characterizes an additional predictive value of microarrays. The thesis includes a comparison of selected features of gene expression classifiers built up in five different breast cancer data sets. Finally, a feature selection that combines gene expression data with gene ontology information is proposed.
|
host ::
RSS.